ふたつ前の投稿で，OSX 10.10から導入された「日本語入力プログラム」のキーバインドが，かなり細かいところまでカスタマイズできることを書きました。「charactor」設定では，どのキーでどの文字を打つかまで設定できます。

ということは，親指シフト入力へのカスタマイズも出来るのではないかと思います。専用キーボードはもちろん，JISキーボードの「コマンド」「fn」キーとのコンビネーションでの運用が可能ではないかと予測します。（私は開発する気はないですが）

ATOKやVJEのキーバインドは簡単にできますし，ユーザーで設定ファイルを作り上げ，交換できればとても良いのではないかと思います。