和歌山大システム工学部は，全国でも珍しい「ダブルメジャー制」を採用している。簡単に言うと，メインとサブの2つの専門分野を選んでその組み合わせで卒業するというもの。和歌山大では10メジャーがあるので，その組み合わせは90通りとなる。

さらに2020年から，「クオーター制」が導入された。「クオーター制」とは，1年を4つの四半期に分け，その期間で授業が始まって，終わること。