ふたつ前の投稿で，OSX 10.10から導入された「日本語入力プログラム」のキーバインドが，かなり細かいところまでカスタマイズできることを書きました。「charactor」設定では，どのキーでどの文字を打つかまで設定できます。
ということは，親指シフト入力へのカスタマイズも出来るのではないかと思います。専用キーボードはもちろん，JISキーボードの「コマンド」「fn」キーとのコンビネーションでの運用が可能ではないかと予測します。（私は開発する気はないですが）
ATOKやVJEのキーバインドは簡単にできますし，ユーザーで設定ファイルを作り上げ，交換できればとても良いのではないかと思います。
Yosemiteをインストール。そして再起動。ログイン画面からログイン完了まで1時間以上かかりました。
その理由は，これまで使っていた外部辞書の変換に時間がかかったからでした。「山葵辞書」という巨大な辞書を使っていて，その変換に時間がかかり，あげく単語数が多すぎてエラーに。また，ユーザ辞書も消えました。
その復活の方法。
1；Finderにてファイルメニュー「移動」から「フォルダに移動」を選択。
~/Library/Dictionaries/
と入れる。フォルダが開くと「ユーザ辞書」が見つかるはず。
2；「システム環境設定」→「キーボード」→「入力ソース」の一番下にある，「追加辞書」に，「ユーザ辞書」をドラッグ。
これで復活します。
iOSの辞書とは同期しないようです。（間違えてました）
（MacOS Sierra 10.12については，こちら）
（El Capitan OSX 10.11については，こちら）
Yosemite(OSX 10.10）になって，OSXのデフォルト日本語入力が「ことえり」から「日本語入力プログラム（JapaneseIM）」に変わりました。iOSと共通です。シェアウェアの巨大なことえり辞書「山葵辞書」は単語数オーバーで使えなくなりました。ですが基本的な変換能力は向上していると思われます。
OSX10.9までは，「ことえり」の設定ファイルを差し替えることで，ATOK風のキーバインドに変えて使ってきました。（ここ）
これに近い方法で「日本語IM」をATOK風に使うことができました。方法を以下に記しました。
（システムフォルダを変更します。自己責任でお願いします）